Если вы свернули или даже закрыли окно приложения, оно продолжает работать в фоновом режиме. Виджет приложения доступен в системном трее.
По клику на виджет левой кнопкой мыши открывается окно создания новой задачи.
По клику на виджет правой кнопкой мыши открывается меню действий: показать окно приложения или закрыть приложение. Если вы выбираете Закрыть, работа приложения в фоновом режиме прекращается.
Если вы хотите по клику левой кнопкой мыши открывать окно приложения вместо окна создания задачи — отметьте чекбокс По клику в трее открывать приложение в окне Настроек приложения на вкладке Общие.